I non patogeni sono solitamente microbi innocui che popolano un organismo vivente, come lo Staphylococcus aureus e la candida. Alcuni microbi non patogeni sono batteri che possono essere benefici per l'organismo umano, come i batteri dell'acido lattico. La maggior parte dei batteri non patogeni, i lattococchi e i batteri dell'acido lattico provengono da alimenti come i latticini, la carne e alcune verdure. Questi sono anche conosciuti come batteri gram-positivi e probiotici.
Gli agenti patogeni, d'altra parte, sono batteri, germi, parassiti e virus che causano infezioni e malattie. Tuttavia, dalla fine del XIX secolo, c'è stato un dibattito su quanto innocui siano effettivamente alcuni microbi non patogeni. Secondo BMC Biology, lo stesso microbo può esistere in stati patogeni e non patogeni. In un individuo con un sistema immunitario carente, un microbo non patogeno può diventare un agente patogeno opportunistico, attivando i geni cattivi nei microbi che possono quindi causare gravi malattie.
A partire dal 2014, gli scienziati continuano a ricercare le cause che possono rendere un non patogeno un microbo patogeno. I microbi patogeni spesso si sviluppano per diventare resistenti agli antibiotici. Secondo BMC, gli antibiotici e la chirurgia rendono un individuo più vulnerabile e possono innescare lo sviluppo di un microbo patogeno che causa infezioni o malattie. Lo stafilococco è un microbo che spesso diventa un agente patogeno che causa infezioni acquisite in ospedale.
