Una reazione a catena della polimerasi nidificata o una PCR nidificata è un'alterazione della reazione a catena della polimerasi standard con lo scopo di limitare la contaminazione. CLCSupport spiega che la contaminazione si verifica a causa di un legame non specificato all'interno dei prodotti .
Tale legame si verifica quando vengono amplificati siti di legame primer imprevisti. Si parla di mispriming. L'idea alla base della nidificazione, come spiega il Centro nazionale per le informazioni sulle biotecnologie, è quella di esaminare le parti esterne delle catene della polimerasi per i frammenti di grandi dimensioni. Questi frammenti contengono i piccoli frammenti attesi e possono essere amplificati senza creare ambiguità. Una volta amplificati i frammenti esterni, quelli interni possono essere amplificati con molto meno contaminazione.
