I pigmenti nelle piante sono fatti e conservati in organelli chiamati plastidi. Il plastidio più comune è il cloroplasto, che è un organello verde con la clorofilla verde pigmentata. La clorofilla è il pigmento più importante per la fotosintesi.
I pigmenti sono composti speciali che riflettono un certo colore della luce. Per la maggior parte delle piante verdi, la clorofilla, che riflette la luce verde, è più comune. Tuttavia, le piante hanno altri pigmenti che vengono utilizzati per scopi diversi dalla fotosintesi, come l'aspetto. Ad esempio, molti fiori e frutti di piante hanno cromoplasti, che variano di colore. I peperoni hanno i cromoplasti, che cambiano nel tempo per indicare quanto è maturo un frutto.