Esistono molti tipi diversi di pesci predatori che mangeranno un pesce pagliaccio, compresi squali, anguille e la maggior parte dei pesci predatori che sono più grandi del pesce pagliaccio. Tuttavia, gli esseri umani sono in genere considerati il più grande predatore del pesce pagliaccio, in quanto gli uomini catturano frequentemente pesci pagliaccio per acquari e acquari grazie alla loro popolarità.
Anche se molte specie di pesci mangeranno un pesce pagliaccio, se gli viene data una possibilità, i pesci pagliaccio si proteggono attraverso una relazione simbiotica con gli anemoni di mare. I tentacoli di molti anemoni di mare pungono la maggior parte dei pesci se arrivano troppo vicini, ma i pesci pagliaccio hanno sviluppato una resistenza a queste punture che permette loro di vivere dentro e intorno ai tentacoli senza alcun danno. I pesci pagliaccio nascondono nei tentacoli degli anemoni un modo per proteggerli dai predatori, ma mangiano anche gli avanzi del pesce che l'anemone uccide e mangia.
Questa relazione non è solo benefica per il pesce pagliaccio, poiché a sua volta aiuta gli anemoni a tenerli puliti. Lo fanno entrambi mangiando gli avanzi degli anemoni e i piccoli parassiti che cercano di vivere all'interno dell'anemone. I pesci pagliaccio sono anche molto aggressivi e in genere cacciano altri tipi di pesci che tentano di mangiare i tentacoli dell'anemone.
