I semi sono fatti all'interno delle ovaie di alcune specie di piante. Non tutte le piante hanno la capacità di produrre semi. Solo quelli delle divisioni Cycadophyta, Ginkgophyta, Gnetophyta, Coniferophyta e Anthophyta usano i semi per la riproduzione. Sono generati dall'ovulo della pianta madre e dal grano pollinico della pianta del padre.
Un seme, che viene generato nell'ovulo della pianta femminile, è composto da diverse parti. L'embrione è la struttura che più tardi diventa una pianta matura. Contiene un set di cromosomi dalla pianta madre e un secondo set dal padre. Ci sono quattro parti principali dell'embrione. Il cotiledone è una foglia di seme che immagazzina il cibo, la piumetta e l'ipocotilo sono il gambo e il germoglio della pianta dell'embrione e la radichetta successivamente si sviluppa nella radice della pianta. Oltre all'embrione, il seme contiene l'endosperma, che contiene due gruppi di cromosomi dalla madre e uno dal padre. L'endosperma fornisce alla pianta una fonte di cibo che germina in una piccola pianta. Sia l'embrione che l'endosperma sono incapsulati in un rivestimento di semi, che si sviluppa dal sacco embrionale del tessuto della pianta madre. Il rivestimento del seme è uno strato protettivo resistente che previene danni all'embrione e all'endosperma.