A partire dal 2015, le prove suggeriscono che i probiotici sono utili nel trattamento di alcuni sintomi associati a Clostridium difficile, ma non tutti i probiotici forniscono gli stessi effetti, secondo il National Institutes of Health. Gli scienziati non sono sicuri di quali specifici probiotici siano utili e gli antibiotici sono spesso un trattamento efficace.
Inoltre, i pazienti con una grave infezione possono non avere la diarrea quando il colon è molto infiammato, spiega il National Institutes of Health. Possono insorgere complicanze e possono essere pericolose per la vita, causando problemi come megacolon tossici e gravi infezioni ossee o cardiache. L'uso di antibiotici è in genere necessario e, in alcuni casi, la condizione richiede un trattamento più intenso, come un intervento chirurgico.