Il cloruro di berillio è una molecola non polare. La forma di BeCl2 è lineare, con il berillio centrale legato su entrambi i lati a un atomo di cloro. Le elettronegatività degli atomi di cloro quindi si annullano, lasciando una molecola non polare.
Il cloruro di berillio è un esempio di una molecola deficiente di elettroni perché l'atomo di berillio condivide solo un totale di quattro elettroni, mentre gli atomi nella maggior parte delle molecole covalenti ne condividono otto. Normalmente, gli atomi come il berillio situato nel primo o secondo gruppo sulla tavola periodica formano legami ionici, che consente loro di raggiungere una configurazione nobile del gas senza condividere elettroni. Tuttavia, il berillio è significativamente più elettronegativo della maggior parte degli atomi in questi gruppi, motivo per cui forma legami covalenti.
