Felix Dujardin ha dato il suo più grande contributo alla teoria delle cellule quando ha proposto la classificazione di un nuovo tipo di organismo unicellulare che ha chiamato rhizopoda. I rhizopoda di Felix Dujadin sono ora noti come protozoi.
Felix Dujardin è anche noto per il suo lavoro nel confutare la teoria di Christian Gottfried Ehrenburg secondo cui gli organismi microscopici avevano organi con funzioni simili agli organi dei vertebrati. Durante lo studio dei foraminiferi, Felix Dujardin scoprì anche una struttura di vita informe che chiamò sarcode ma che oggi conosciamo come protoplasma. È anche noto per le sue ricerche ad ampio raggio sui gruppi di invertebrati, come echinodermi, cnidari ed elminti.
