Il principale svantaggio dell'estrazione industriale è il danno provocato dalle attività minerarie all'ambiente. La rimozione di vaste aree di terreno vegetale può distruggere gli habitat e le sostanze chimiche utilizzate nelle operazioni minerarie possono penetrare nelle falde acquifere e inquinare l'area. L'inquinamento atmosferico e l'inquinamento radioattivo sono altri possibili aspetti negativi.
Un altro potenziale pericolo è l'instabilità geologica. Nel 1980, una miniera di sale sotto il lago Peigneur in Louisiana crollò quando un'operazione di perforazione petrolifera aprì una breccia in una parte della miniera, e il conseguente crollo risucciò a chiatte, veicoli e edifici. Una volta che il lago si è calmato, l'intera costa e la regione sono state drasticamente modificate dal crollo.
