I principali svantaggi della caccia alle balene comprendono la potenziale estinzione di alcune specie di balene, i livelli di mercurio non sicuri che la carne di balena può contenere e il potenziale danno per gli ecosistemi che la rimozione delle balene può causare. Inoltre, balene guardare è un'attività lucrosa in molte parti del mondo e la caccia alle balene potrebbe avere un impatto su tale attività, secondo Nature Publishing Group.
Un grave problema con i centri di caccia alle balene sull'impatto sulle popolazioni di balene. Ad esempio, le balene grigie si sono estinte nell'Atlantico per centinaia di anni. Si ritiene inoltre che possa esserci solo il 4% della popolazione totale di balene blu viventi prima dell'inizio dello sfruttamento.
Anche un numero minore di balene può avere un impatto sull'ecosistema. Quando una balena muore, il suo corpo affonda nel fondo dell'oceano. Sul fondo dell'oceano, il corpo di una balena fornisce cibo a molte creature diverse che normalmente non hanno accesso a un approvvigionamento alimentare così abbondante.
Mentre molti sostenitori della caccia alle balene affermano che la pratica crea lavoro e mette denaro nell'economia, ha anche il potenziale per danneggiare l'economia di un paese. È stato stimato che il turismo marino legato al whale watching potrebbe generare $ 413 milioni ogni anno. Inoltre, la carne di balena, che è una fonte di reddito della caccia alle balene, può contenere livelli pericolosi di mercurio e portare all'avvelenamento da mercurio.
