La principale differenza tra prioni e virus è che, mentre entrambi causano la malattia, i prioni non hanno materiale genetico proprio. Secondo Merck, i prioni differiscono anche dai virus in quanto le condizioni causate da prioni sono sempre fatale. La maggior parte delle malattie virali può essere sopravvissuta. I prioni tendono a colpire il sistema nervoso più spesso che in qualsiasi altra parte del corpo.
I virus si riproducono iniettando materiale genetico in cellule viventi, che vengono poi rilevati e utilizzati per produrre più virus. I prioni, a differenza di qualsiasi patogeno vivente, non hanno geni. Come descritto da Merck, alcuni prioni, come i responsabili della malattia di Creutzfeldt-Jakob e l'insonnia fatale, sono creati dall'abnorme piegamento di proteine altrimenti normali presenti in ogni cellula del corpo. Queste proteine anormali sono chimicamente identiche alla loro forma non patogena, ma la loro struttura anormale altera la loro funzione nella cellula. Questo spesso causa la formazione di bolle nelle cellule cerebrali e porta alla graduale morte del tessuto nervoso nel sistema nervoso centrale. Questo processo è sempre fatale e non può essere curato. A differenza dei virus, i prioni non devono essere contratti da una fonte infetta, anche se a volte lo sono, e possono talvolta formarsi spontaneamente nel corpo umano per ragioni che sono poco conosciute.
