Molte attività umane provocano inquinamento, distruzione degli habitat e cambiamenti climatici, tutti elementi distruttivi per gli ecosistemi. Secondo il World Wildlife Fund, l'uso di pesticidi e fertilizzanti nelle fattorie è aumentato di 26 volte negli ultimi 50 anni, che ha causato maggiori danni a corsi d'acqua, fiumi, laghi e gli oceani del mondo. I fertilizzanti sono tossici per molti tipi di vita acquatica e alterano la chimica delle acque locali.
Un altro modo in cui gli esseri umani possono danneggiare gli ecosistemi è attraverso l'introduzione di specie non native. La National Wildlife Federation suggerisce che le specie invasive si diffondono attraverso il commercio di animali domestici, su imbarcazioni e con piante ornamentali importate. Queste specie invasive possono spostare le specie native, alterando l'equilibrio dell'ecosistema. Le specie invasive prendono un certo numero di forme, dai grandi pesci, come le carpe asiatiche, ai virus microscopici, come il virus del Nilo occidentale.
Il trattamento improprio dei rifiuti solidi può causare una serie di problemi per gli ecosistemi acquatici. Il World Wildlife Fund spiega che nell'oceano si possono formare grandi accumuli di plastica, che possono rilasciare sostanze chimiche nocive nell'acqua, danneggiare le barriere coralline o danneggiare gli animali che inavvertitamente la ingeriscono.
L'inquinamento atmosferico nuoce anche agli ecosistemi naturali. Secondo il World Wildlife Fund, le piogge acide, causate dalla liberazione di anidride solforosa nell'aria da parte dell'uomo, sono dannose anche per gli habitat naturali del mondo.
