L'avvio e l'arresto dei codoni sono importanti perché indicano al macchinario cellulare dove iniziare e terminare la traduzione, il processo di creazione di una proteina. Il codone di avvio imposta anche il frame di lettura del DNA, indicando che ogni terzina dopo quel punto codifica per un amminoacido specifico.
I codoni di inizio e di arresto si trovano sia sul filamento di DNA originale nel nucleo della cellula che sul filamento di RNA messaggero che funge da modello di proteina. L'mRNA che corrisponde a un gene specifico sul filamento di DNA viene sintetizzato nel nucleo usando il filo antisenso del DNA come guida all'ordine dei codoni. Questo filamento di mRNA viaggia quindi verso un ribosoma nel nucleo della cellula, dove avviene l'assemblaggio della proteina.
Nella maggior parte degli organismi, l'unico codone di partenza è ATG, una tripletta composta da basi di DNA quali adenina, guanina e timina. L'ATG codifica anche per la metionina di amminoacidi quando si trova nel mezzo di un gene. Nel modello mRNA, ATG viene sostituito da AUG perché l'uracile di base appare sempre al posto di timina nell'RNA.
I codoni di stop sono disponibili in tre diverse forme: TGA, TAG e TAA. In RNA, questi tre codoni appaiono come UGA, UAG e UAA. A differenza del codone di inizio, nessuno dei codoni di stop codifica per un amminoacido.
