I funghi sono la chiave dell'ecosistema perché agiscono come principali decompositori, simbioti e parassiti delle piante. I funghi decomponenti sono estremamente adatti per abbattere i tessuti vegetali, in particolare il legno, e restituire grandi quantità di carbonio all'atmosfera facendo così. Sono quindi parti importanti del ciclo del carbonio.
Anche se la decomposizione del legno è uno dei loro ruoli più importanti, i funghi decompongono anche altri materiali organici. I funghi aiutano anche a processare il terreno, abbattere le erbe e abbattere lo sterco animale. Senza questi decompositori, questi materiali rimarrebbero nell'ambiente più a lungo prima di essere trasformati in materiali utili ad altri organismi.
Altri tipi di funghi aiutano a crescere gli alberi. Questi tipi di funghi crescono intrecciati con le radici degli alberi, ricevendo acqua e composti organici in cambio di rendere alcuni minerali essenziali più accessibili agli alberi. Le singole specie di funghi sono spesso specifiche per una particolare specie di albero. I funghi di solito non possono sopravvivere senza gli alberi, mentre gli alberi non crescono bene senza i funghi.
I funghi parassiti possono essere molto distruttivi, attaccando sia le piante che gli animali. Questi includono i più pericolosi agenti patogeni vegetali. Una sola specie è sospettata di distruggere miliardi di castagni. I parassiti fungini possono anche attaccare gli esseri umani, causando malattie come certi tipi di polmonite.
