Ci sono quattro modalità di nutrizione per il regno Eubacteria: fotoautotrofi, chemoautotrofi, fotoeterotrofi e chemoeterotrofi. Ognuno di questi ha una diversa combinazione di modi in cui ottengono energia e carbonio.
I fotoautotrofi sono organismi che conducono la fotosintesi in modo simile alle piante, usando la luce per generare energia e anidride carbonica per generare composti di carbonio. Anche i chemioautotrofi usano il biossido di carbonio per produrre composti di carbonio, ma usano sostanze chimiche inorganiche come fonti di energia anziché di luce. I fotoeterotrofi ottengono la loro energia dalla luce solare, ma ingeriscono anche composti organici di carbonio come fonte di carbonio. I chemioeterotrofi ottengono sia la loro energia che il carbonio assorbendo sostanze chimiche organiche. In ogni caso, quando si genera energia metabolizzando le sostanze chimiche, la fonte di energia può essere definita un donatore di elettroni e l'elaborazione di questo donatore di solito richiede un accettore di elettroni, più comunemente ossigeno.
I batteri che si basano sull'ingestione di sostanze chimiche per l'energia possono essere dipendenti dall'ossigeno o possono utilizzare altri accettori di elettroni. I batteri che generano energia da composti chimici senza ossigeno usano la respirazione anaerobica o la fermentazione. La respirazione anaerobica richiede l'uso di accettori di elettroni alternativi come nitrati, solfati o anidride carbonica. I batteri che usano composti inorganici per produrre energia possono anche usare comunemente idrogeno, monossido di carbonio, ammoniaca o metalli ridotti. La fermentazione non utilizza alcun accettore di elettroni alternativo, ma produce prodotti di scarto come etanolo o acido lattico.
