Tre delle principali caratteristiche utilizzate per classificare gli organismi sono la struttura cellulare, la modalità di nutrizione e la cellularità. Queste caratteristiche aiutano gli scienziati a determinare come gli organismi sono simili tra loro e come sono diversi da ciascuno altro.
Classificare un organismo in base alla sua struttura cellulare significa determinare se si tratta di un procariota o eucariota e quindi determinare se l'organismo ha una parete cellulare o altri organelli, secondo Dave Krupp dell'Università delle Hawaii.
La modalità di nutrizione si riferisce a come un organismo riceve il cibo. Gli organismi possono essere classificati come autotrofi o eterotrofi. Gli autotrofi producono il loro cibo, mentre gli eterotrofi devono mangiare altri organismi per sopravvivere. Se un organismo è un autotropo, può anche essere classificato come fotoautotropo o chemoautotropo. Stephen T. Abedon dello stato dell'Ohio spiega che i fotoautotrofi producono il proprio cibo usando l'energia della luce solare. I chemoautotrofi producono cibo usando l'energia dei composti che donano elettroni.
La cellularità si riferisce al numero di cellule di un organismo e al modo in cui tali cellule sono disposte. Alcuni organismi sono monocellulari, mentre altri sono multicellulari. Gli organismi avanzati hanno cellule organizzate nei tessuti.