Secondo About.com, l'agata si forma dalla deposizione di silice in soluzione acquosa a basse profondità e temperature relativamente basse. È una forma di calcedonio, che è una massa di quarzo composta di cristalli microscopici. La sua natura porosa, rispetto ad altre forme di quarzo, gli consente di sviluppare impurità che gli conferiscono una varietà di colori e modelli, rendendola una pietra popolare per l'uso in gioielleria.
L'agata è un risultato finale dopo l'alterazione chimica di altre rocce. Si trova comunemente in associazione con l'opale, un'altra roccia silicata apprezzata per la sua estetica decorativa. Perché l'agata si forma come una deposizione dall'acqua, nelle giuste circostanze può essere parte di un processo di fossilizzazione. Grandi ceppi di legno fossilizzato sono fatti da agata. È estremamente sensibile alle condizioni ambientali durante la formazione, il che contribuisce alla sua enorme varietà di aspetto.
A differenza dei grandi cristalli di quarzo, la natura dell'agata lo rende trasparente o traslucido solo in strati sottili. I depositi più spessi sono sempre opachi. I cristalli di quarzo più grandi sono spesso inclusi nelle formazioni di agata microcristallina. Queste formazioni, note anche come mandorle, sono piccole pietre con una crosta bianca. L'agata utilizzata in gioielleria si rivela solo tagliando la mandorla aperta.
