A causa della sua associazione con i membri del Katipunan, Jose Rizal fu implicato come uno dei suoi fondatori e fu processato per sedizione, ribellione e cospirazione davanti a un tribunale militare. Rizal era già nel Mediterraneo quando fu arrestato durante il viaggio e riportato a Manila per un processo. È stato condannato come colpevole di tutte e tre le accuse. Fu condannato a morte e fu esiliato a Dapitan nel 1893.
Rizal è stato arrestato dalle autorità spagnole per diversi motivi, tra cui fondare una società, pubblicare libri e giornali che diffondevano al popolo idee ribelli e sediziose, in possesso di un fascio di volantini che violava gli ordini spagnoli, criticando la religione diffusa dal Spagnoli e diffusione del filibusterismo nelle Filippine.
Anche se Rizal è stato inviato a Dapitan come prigioniero, i suoi anni di permanenza nella provincia sono stati uno dei periodi più proficui della sua carriera come medico, agricoltore, uomo d'affari, ingegnere, insegnante, scienziato e linguista. Ha usato i suoi giorni rimanenti a Dapitan per migliorare le sue abilità letterarie e artistiche. Fu anche a Dapitan che Rizal incontrò e sposò Josephine Bracken, la figlia di un ingegnere di Hong Kong in pensione. I due avevano un figlio, che morì poco dopo la nascita.
