La causa principale delle api mellifere in via di estinzione sono i parassiti, inclusi gli acari della trachea e della varroa introdotti in Nord America negli anni '80. Questi parassiti causano malattie che possono essere dannose per le colonie delle api, come una malattia che causa l'emergere di api appena alzate con ali deformi e l'incapacità di volare.
Sebbene siano stati sviluppati miticidi che sono efficaci contro questi acari, gli acari stanno iniziando a sviluppare resistenza alle sostanze chimiche, a partire dal 2015. Gli scienziati stanno sviluppando un ceppo di api resistenti agli acari nella speranza di ripopolare le api in tutte le aree colpite.
Altre cause di declino della popolazione delle api sono la deforestazione e la distruzione di habitat nativi a causa della costruzione di parcheggi, centri commerciali e altre strutture.
