I supporti bagnati dovrebbero idealmente non avere bolle d'aria perché i principianti potrebbero avere difficoltà a distinguere le bolle dal campione quando si guarda al microscopio. La presenza di bolle può anche impedire agli organismi vivi di muoversi liberamente. Un altro problema è che le bolle di grandi dimensioni possono ridurre la risoluzione di visualizzazione.
I microscopi utilizzati per la visualizzazione di supporti bagnati sono progettati per fornire la massima risoluzione quando il campione viene immerso in acqua. Se una grande bolla d'aria circonda il campione anziché l'acqua, la qualità dell'immagine si riduce. Un altro problema con le bolle d'aria nei supporti bagnati è che sembrano avere un anello scuro che circonda i loro bordi al di sotto del microscopio. Questo anello scuro può coprire una parte del campione, rendendo più difficile la visualizzazione.
Alcuni tipi di esemplari sono più inclini alle bolle d'aria di altri. Le bolle possono facilmente rimanere intrappolate sotto campioni che sono a forma di fogli grandi, come fette di buccia di cipolla. I campioni porosi sono anche soggetti a bolle d'aria perché i loro pori possono essere riempiti di aria prima di creare il supporto bagnato. Un vuoto è utile per aspirare l'aria dai pori. Anche i campioni con superfici grasse formano facilmente bolle d'aria, perché respingono l'acqua. Applicare alcol al campione per rimuovere lo strato grasso può aiutare a prevenire le bolle d'aria.
