L'unica secrezione dell'esofago è il muco, per la lubrificazione. L'esofago non secerne alcuna sostanza chimica digestiva perché il suo ruolo è quello di fornire boli di cibo dalla faringe allo stomaco.
Il muco è prodotto da ghiandole mucose situate nella mucosa, il rivestimento dell'esofago. Questo rivestimento è composto da epitelio squamoso stratificato, resistente ai traumi da alimenti abrasivi. Durante la deglutizione, i boli di cibo distendono l'esofago, causando l'espressione del muco dalle ghiandole mucose. Le contrazioni peristaltiche spingono il cibo nello stomaco. Negli esseri umani, ci vogliono dai quattro ai cinque secondi perché un bolo di cibo attraversi l'esofago.
