La temperatura di un bioma estuario varia con la stagione e l'estuario. Ad esempio, l'estuario di Aln in Inghilterra ha un intervallo di temperatura medio da 13 a 17 gradi Celsius o da 55 a 63 gradi Fahrenheit. La temperatura di un estuario è spesso correlata alla salute del bioma.
L'ossigeno disciolto è essenziale per la vita negli estuari. Maggiore è la temperatura di un estuario, meno ossigeno disciolto è disponibile nell'ecosistema. Ad esempio, un aumento della temperatura di circa 14 gradi Celsius può ridurre la quantità di ossigeno disciolto di poco meno di mezzo mg per litro. Diverse piante e animali sono in grado di adattarsi alle condizioni dell'estuario in base ai loro meccanismi biologici innati.
