L'organello che contiene la maggior parte degli enzimi idrolitici in una cellula è il lisosoma. I lisosomi sono organelli relativamente piccoli, legati alle membrane, che le cellule utilizzano per una varietà di scopi tra cui la decomposizione di molecole organiche, combattimenti organismi che causano malattie e riparano le loro membrane cellulari.
I lisosomi sono vitali per la digestione all'interno della cellula e usano i loro enzimi per scomporre gli alimenti in forme che possono essere utilizzate dalla cellula. Se il cibo è insufficiente nell'ambiente, i lisosomi sono anche in grado di abbattere altri organelli per i materiali necessari. Quando vengono utilizzati per la difesa, i lisosomi possono distruggere gli agenti patogeni che attaccano una cellula o, negli animali, possono essere schierati da cellule immunitarie specializzate per distruggere i patogeni che mettono in pericolo cellule diverse. Queste cellule inglobano i patogeni e rilasciano gli enzimi idrolitici all'interno dei lisosomi su di loro.
Gli enzimi nei lisosomi sono pericolosi per la cellula che li crea. Se la membrana di un lisosoma dovesse perdere, potrebbe digerire la cellula stessa. Questa membrana è composta da lipidi, mentre gli enzimi in essa contenuti sono proteine. I lisosomi si trovano generalmente solo in cellule animali o animali. Le cellule vegetali generalmente non hanno lisosomi, dato che le loro pareti cellulari li proteggono dai pericoli che i lisosomi normalmente combattono.