Il regno Monera comprendeva batteri e cianobatteri. I sistemi di classificazione cambiano quando tecnologie come il sequenziamento del DNA forniscono nuove informazioni sulla relazione tra organismi. Un sistema a tre domini composto da batteri, Archaea ed Eukarya ha soppiantato il sistema dei cinque regni, e Monera è obsoleto.
Un sistema di classificazione funzionale divide gli organismi per i loro tipi di cellule piuttosto che per i loro genomi. I batteri appartengono ai procarioti, caratterizzati dalla mancanza di un nucleo e di organelli racchiusi nelle loro cellule. La maggior parte dei procarioti sono organismi unicellulari visibili solo al microscopio. Gli eucarioti includono protisti, funghi, piante e animali. Gli archaea sono procarioti che condividono alcune caratteristiche con gli eucarioti, inclusi i geni simili.
