I batteri presenti nell'acqua di rubinetto includono cryptosporidium, legionella pneumophila, rotiferi, copepodi ed Escherichia coli, più comunemente conosciuti come E. coli. Rotiferi e copepodi si trovano comunemente nell'acqua potabile e possono crescere abbastanza grandi da poter essere visti con l'occhio umano, ma raramente sono dannosi per l'uomo. E. coli può esistere legalmente fino al 5% dei campioni di acqua potabile, secondo gli standard della Environmental Protection Agency.
La legionella pneumophila, il batterio che causa la malattia del legionario, esiste naturalmente nell'acqua ma viene spesso sradicata mediante filtrazione e tecniche di trattamento delle acque. Solo in rari casi la legionella si presenta nell'acqua potabile. Nel 2015, un focolaio si è verificato a New York a causa di acqua contaminata, infettando 127 persone e uccidendone 12.
I rifiuti fecali umani e animali sono fonti comuni di contaminazione da parte del criptosporidio, un organismo unicellulare. Una persona infetta da criptosporidio può manifestare sintomi come diarrea, vomito e crampi. Le moderne tecniche di filtrazione e trattamento dell'acqua filtrano circa il 99% di questi batteri dall'acqua potabile.
È anche possibile trovare i batteri anabaena circinalis e salmonella enterica nell'acqua del rubinetto, così come le spore della muffa di Chaetomium e rizopus stolonifer, che è più comunemente noto come muffa del pane nero.
