I biologi che studiano le relazioni tra gruppi di animali sono noti come tassonomi e dispongono di una vasta gamma di strumenti a loro disposizione per determinare l'esatta filogenesi degli organismi. Tra questi ci sono l'anatomia macroscopica, la somiglianza delle proteine e il sequenziamento diretto dei geni, come riportato da Rediscovering Biology.
Un metodo per classificare gli organismi risale agli albori della tassonomia classica e comporta un grossolano confronto anatomico tra i tratti fisici degli esseri viventi. Le somiglianze tra di loro possono quindi essere tracciate in un albero ruvido di probabile parentela tra le specie. Secondo la Rediscovering Biology, questo metodo funziona bene con il sistema classico sviluppato per la prima volta da Charles Linn nel XVIII secolo.
Un metodo più moderno, e che tenga conto delle vere relazioni evolutive tra gli esseri viventi, è noto come cladismo. Questo metodo mira a sviluppare un vero albero della vita che possa essere utile per identificare la storia e le relazioni degli organismi. Questo sistema si basa spesso sull'analisi diretta dell'anatomia macroscopica, come con la tassonomia classica, così come sull'analisi dell'organismo a livello molecolare per confrontare le proteine. Secondo la Rediscovering Biology, i cladists ricorrono talvolta a un confronto diretto punto per punto delle sequenze nucleotidiche di organismi per indizi sulla loro vera eredità.
