In individui sani, l'unico effetto collaterale comune dei probiotici è il leggero disagio digestivo, come nella forma del gas, secondo il Centro nazionale per la salute complementare e integrativa. Tuttavia, a partire dal 2015, gli scienziati hanno ancora alcune incertezze sulla sicurezza a lungo termine dell'assunzione di probiotici e sono necessarie ulteriori ricerche. L'assunzione di probiotici può causare gravi infezioni in persone che hanno subito un intervento chirurgico, sono gravemente malate o hanno un sistema immunitario indebolito.
Non tutti i prodotti probiotici contengono gli stessi filamenti di batteri, il che significa che alcuni prodotti sono più sicuri di altri, osserva il Centro nazionale per la salute complementare e integrativa. Ad esempio, i risultati di uno studio hanno indicato che uno specifico filamento di Lactobacillus sembra essere sicuro per individui sani di età superiore ai 65 anni, ma lo studio non è una prova sufficiente che l'uso probiotico in generale sia sicuro negli anziani.
Nonostante affermi che i probiotici siano utili nella gestione di un'ampia gamma di condizioni di salute, ci sono poche o nessuna evidenza scientifica disponibile, avverte il Centro nazionale per la salute complementare e integrativa. Esistono prove del fatto che i supplementi probiotici prevengono la diarrea nelle persone che assumono antibiotici o hanno determinate infezioni. Ci sono anche alcune prove che i probiotici possono ridurre i sintomi della sindrome dell'intestino irritabile. Sono necessarie ulteriori ricerche per stabilire quali specifici probiotici sono più efficaci nel fornire questi benefici e quanto i pazienti devono assumere per ottenere tali benefici.
