Gli effetti collaterali più comuni dei trattamenti di dirofilaria orale comprendono diarrea, vomito e mancanza di coordinazione muscolare. Gli effetti collaterali dei trattamenti di diricofili topici includono perdita di capelli nel sito di applicazione, diarrea, vomito, tremori, ansimanti e sbavanti. Gli effetti indesiderati di terapia antipertoriastica iniettabile comprendono convulsioni, shock, gonfiore, irritazione della pelle o prurito, diarrea e vomito. È raro che i cani sperimentino effetti collaterali dovuti al trattamento di dirofilaria.
Oltre a subire gli effetti collaterali del trattamento di dirofilaria, alcuni cani possono anche manifestare reazioni allergiche agli ingredienti nella medicazione di filaria. Un cane che manifesta una reazione allergica può mostrare sintomi quali convulsioni, shock, orticaria, prurito e gonfiore, in particolare nell'area del viso. I cani che hanno una severa infestazione da dirofilaria possono essere più suscettibili alle reazioni avverse al trattamento.
Alcune razze di cani sono particolarmente sensibili ai principi attivi nella maggior parte dei trattamenti di filaria, ivermectina e milbemicina. Molti collie, whippet, pastori australiani e cani da pastore hanno una mutazione genetica che li rende incapaci di eliminare i farmaci da filaria dai loro cervelli. Questa anomalia può aumentare le probabilità di questi cani che soffrono di convulsioni o addirittura di morire a causa di un trattamento di filaria.
La filaria è una malattia grave che è considerata endemica in molte aree. La maggior parte dei veterinari ritiene che i benefici del trattamento preventivo per la dirofilaria prevalgano sui rischi di effetti collaterali.
