I principali svantaggi dell'utilizzo di fertilizzanti artificiali, o inorganici, secondo l'estensione della Clemson University, sono che rischiano di inquinare le falde acquifere e alcuni fertilizzanti inorganici possono danneggiare le piante se sono autorizzati a rimanere sulle foglie. Inoltre, non aggiungono tanti nutrienti al suolo come fertilizzanti organici e devono essere applicati più spesso dei fertilizzanti naturali, secondo l'estensione della Oregon State University.
Le sostanze nutritive nei fertilizzanti artificiali non rimangono nel terreno per molto tempo. Per questo motivo, i giardinieri devono applicare i fertilizzanti inorganici sul loro terreno più spesso dei fertilizzanti organici. I fertilizzanti inorganici che rilasciano i loro nutrienti nel terreno più lentamente, e quindi richiedono meno applicazioni, sono disponibili da alcuni produttori.
I fertilizzanti artificiali attraversano un processo di produzione, mentre i fertilizzanti organici, come il letame, in genere non subiscono questo tipo di trattamento. Il processo di trattamento crea fertilizzanti che sono molto alti nelle tre principali necessità di piante nutrienti, che sono azoto, fosforo e potassio. Poiché i fertilizzanti inorganici hanno concentrazioni così elevate di questi minerali, lavorano più rapidamente dei fertilizzanti come letame e compost. Questo è il motivo per cui i fertilizzanti artificiali sono così popolari tra i giardinieri domestici e gli agricoltori, nonostante i loro potenziali svantaggi.
