Uno svantaggio della chimica verde è che il passaggio da un vecchio prodotto o processo a uno nuovo richiede tempo. Una riprogettazione del nuovo processo o del nuovo prodotto è spesso difficile, e c'è una mancanza di unità su ciò che è ritenuto più sicuro.
Un'altra area di interesse per la chimica verde o sostenibile sta sostituendo i tradizionali pesticidi o sostanze chimiche utilizzate in agricoltura con i biopesticidi, che sono pesticidi derivati da materiali naturali come piante e animali. Tuttavia, il processo è lento, perché su larga scala i costi di produzione sono elevati.
La chimica verde promuove la progettazione di prodotti e processi chimici che riducono la produzione di sostanze pericolose.
