I metaboliti secondari prodotti dalle piante sono sostanze chimiche che non hanno un ruolo definito nel metabolismo della pianta, inclusa la crescita, la fotosintesi, la riproduzione e altre funzioni primarie. Molti metaboliti secondari prodotti dalle piante svolgono un ruolo chiave nelle vite umane.
Un tipo di metabolita secondario prodotto da piante, flavonoidi, viene reclamizzato come avente proprietà antiossidanti e viene consumato dall'uomo per questi benefici, oltre che dalle proprietà anti-infiammatorie. I flavonoidi possono anche essere conosciuti come vitamina P o citrina. I fitoestrogeni, un metabolita secondario trovato in noci, semi e altri alimenti, sono sostanze chimiche che imitano l'ormone estrogeno. Si pensa che proteggano la salute delle ossa e del cuore.