I principali bacini idrici del Messico sono il Golfo di California (localmente noto come Mar de Cortés), il Golfo del Messico, il fiume San Juan e il lago Chapala (il più grande lago d'acqua dolce).
Il Golfo di California è anche conosciuto come Mare di Cortez e Mare di Vermilion. È considerato un corpo idrico importante perché separa la penisola della California dal Messico e ha una costa di 4.000 chilometri. Il Golfo del Messico è largo 1.500 chilometri e confina con il Messico, Cuba e gli Stati Uniti del Texas, della Louisiana, del Mississippi, dell'Alabama e della Florida. Laka Chapala, il più grande lago d'acqua dolce in Messico, si trova nei comuni di Chapala, Jocotepec, Jamay, Jalisco e Poncitlan. Il fiume San Juan, uno dei tanti fiumi mondiali con questo nome, è considerato un fiume importante perché fornisce lo stato di Nuevo León con l'acqua.
Anche se questi sono i principali bacini idrici del Messico, il paese ha anche diversi laghi, stagni, fiumi e baie più piccoli. Le cascate Basaseachic sul fiume Basaseachic sono la seconda cascata più alta del Messico e le cascate Piedra Bolada sono le più alte. Molti dei fiumi e dei laghi in Messico sono usati dagli agricoltori o sono attrazioni turistiche popolari.
