Il principale problema associato all'ecoturismo è il fatto che quando più persone visitano un ecosistema fragile, aumenta la probabilità di danni a quell'ecosistema. Inoltre, l'ecoturismo può distorcere le economie locali, causare una massiccia inflazione locale e indurre le popolazioni indigene ad abbandonare i mezzi di sostentamento tradizionali a favore dei posti di lavoro nell'industria dei servizi.
L'ecoturismo può essere uno strumento prezioso per preservare le piante e gli animali a rischio. L'attenzione mondiale portata dall'ecoturismo può sensibilizzare l'opinione pubblica sulle specie e i visitatori possono portare i fondi necessari per i programmi di conservazione. Tuttavia, con l'aumento dei dollari del turismo, aumenta anche la minaccia per l'ambiente.
Il numero puro di visitatori può causare problemi con l'esaurimento delle risorse e l'inquinamento. La necessità di creare sentieri e strutture per i visitatori può danneggiare gli habitat e allontanare gli animali dalle loro case. Guide non autorizzate o scarsamente addestrate possono portare i visitatori in aree fragili senza preoccuparsi della fauna selvatica, aumentando il rischio di danni. In alcuni casi, le specie al centro dell'attrazione dell'ecoturismo possono diventare bersagli per il furto e il contrabbando, fornendo agli animali domestici del mercato nero ricchi stranieri.
L'ecoturismo può anche avere un effetto negativo sulle economie locali. Le aziende che offrono servizi turistici possono offrire posti di lavoro migliori rispetto alle professioni tradizionali nella comunità, privando città e villaggi di servizi di cui potrebbero aver bisogno. Nelle aree primitive, questo può deformare l'economia locale nella misura in cui le comunità potrebbero non essere in grado di sopravvivere senza un afflusso costante di denaro e risorse.
