I funghi svolgono un ruolo essenziale negli ecosistemi. Sono responsabili della decomposizione della materia organica; rimuovere e riciclare la materia organica sul terreno, fornendo così nutrienti e cibo per le piante, secondo il Fondo di conservazione della foresta pluviale. Inoltre, i funghi sono responsabili della fissazione dell'azoto nel terreno.
All'interno della biosfera, i funghi svolgono un ruolo essenziale come i principali decompositori e riciclatori di sostanze nutritive. I funghi sono presenti e svolgono questo ruolo in tutti gli habitat della Terra. Senza i funghi, le piante perderebbero la loro principale fonte di nutrienti, la materia organica riciclata dai funghi. I funghi giocano anche ruoli mutualistici con una varietà di altri tipi di organismi.
La fissazione dell'azoto è un altro importante contributo dei funghi negli ecosistemi, secondo la rivista Science. È stato dimostrato che la fissazione dell'azoto da parte dei funghi contribuisce alla biomassa delle formiche tagliafoglie come parte di una relazione simbiotica.
I funghi sono noti per formare relazioni reciproche con cianobatteri e alghe verdi, formando così licheni. Relazioni reciproche simili sono formate con una varietà di diversi tipi di insetti. I contributi positivi di questi batteri e insetti mostrano i ruoli vantaggiosi che i funghi svolgono nella biosfera.
Mentre alcuni funghi causano malattie negli umani, altri hanno un impatto significativo e positivo sulla nostra capacità di sopravvivere riciclando sostanze nutritive e producendo cibo vegetale da detriti e suolo.