Tra le cause potenziali di un elevato livello di ematocrito figurano disidratazione, fumo, vita ad alte quote, malattie polmonari, cardiopatie congenite, policitemia vera o un tumore che produce eritropotetina nel rene. La disidratazione è la causa più comune e quando l'assunzione di liquidi è sufficiente, l'ematocrito ritorna ai livelli normali.
Malattie cardiache e polmonari, così come la vita ad alta quota, possono essere causa di insufficiente ossigeno, e il corpo cerca di compensare producendo più globuli rossi. Ciò si traduce in un aumento del livello di ematocrito. Difetti genetici che causano alterazione dell'ossigeno o rilascio anomalo di ossigeno dall'emoglobina nei globuli rossi possono anche causare alti livelli di ematocrito.
I bassi livelli di ematocrito possono anche essere un segno di malattia. Il livello dell'ematocrito viene valutato come parte del test emocromocitometrico completo per lo screening e la diagnosi dell'anemia. I sintomi di anemia includono debolezza, mancanza di energia, svenimento e pallore. Altre cause di un basso livello di ematocrito comprendono talassemia, sanguinamento, malattia renale cronica, disturbi del midollo osseo, malattie infiammatorie croniche e carenze nutrizionali, come carenza di ferro, acido folico o vitamina B-12. La gravidanza può anche ridurre i livelli di ematocrito a causa della presenza di liquido extra nel sangue. Una recente trasfusione di sangue può influire sui risultati dei test ematici ematocrito.