Le schede madri ATX e BTX sono costruite in modo leggermente diverso, con gli slot posizionati in aree diverse e la distanza tra la scheda madre e lo chassis del PC è aumentata nel BTX. In termini di layout, la scheda madre BTX rispecchia la scheda madre ATX. Il BTX offre spazio per l'installazione sulla sinistra con spazi vuoti per i cavi sulla destra e l'ATX è disposto al contrario.
Nel 2004, Intel ha annunciato lo sviluppo della scheda madre BTX, destinata a sostituire lo standard ATX del tempo. Il BTX ha promesso una migliore ventilazione interna per contrastare velocità di clock più elevate e più componenti che hanno generato più calore. L'introduzione della scheda madre BTX era un tentativo di standardizzare i formati delle piccole schede madri.
A causa del layout e delle differenze strutturali tra le schede madri BTX e ATX, non possono essere installate in casi intercambiabili. Inoltre, la scheda madre BTX utilizza slot PCI Express con un connettore a 24 pin, mentre l'ATX utilizza un connettore a 20 pin.
L'ATX è stato lanciato nel 1995, ma ci sono voluti due anni per diventare lo standard. Il BTX non è riuscito a raggiungere un simile successo al dettaglio, in parte a causa della mancanza di interesse da parte dell'utente nel miglioramento del sistema di raffreddamento. Tuttavia, Dell e Gateway hanno entrambi rilasciato prodotti BTX.
