Ogni amminoacido è costituito da tre codici triplet di base chiamati codoni. I codoni sono composti da tre combinazioni di quattro nucleotidi disponibili. Esistono 64 potenziali combinazioni di codoni.
Quali codoni sono usati determina il tipo di amminoacido creato. L'ordine dei codoni nella sequenza tripletta determina quale proteina viene creata. Sessantuno delle 64 combinazioni creano gli aminoacidi nelle proteine. Le restanti combinazioni creano le sequenze terminate o interrotte della catena. Codoni multipli, chiamati codoni sinonimici, possono codificare per lo stesso amminoacido. Quando i sinonimi dei codoni sono presenti in una catena, si dice che la catena sia degenerata.
