Come mostrato nel sito NIH Genetics Home Reference, quando le molecole di DNA sono rappresentate come scale, i pioli rappresentano le coppie di basi del DNA. Le basi del DNA sono spesso rappresentate come G, A, T e C, che stanno per guanina, adenina, timina e citosina. Quando due filamenti di DNA formano un'elica a doppio filamento, le basi si accoppiano nel mezzo della molecola.
Le basi nel DNA non sono tutte della stessa dimensione. Ciò influenza il modo in cui possono accoppiarsi nel mezzo di una molecola. Le basi più grandi sono la guanina e l'adenina, che sono chiamate purine. Le due basi più piccole, note come pirimidine, sono la timina e la citosina. La spina dorsale di fosfato di zucchero delle molecole di DNA viene mantenuta alla stessa distanza per tutta la lunghezza della doppia elica. Di conseguenza, le purine devono accoppiarsi con le pirimidine. Se due pirimidine sono accoppiate, la coppia di basi non sarebbe larga abbastanza per riempire il centro della doppia elica. Se due purine sono accoppiate, la coppia di basi sarebbe troppo ampia per la molecola di DNA. Le coppie purine-pirimidina sono specificamente da A a T e da G a C poiché le diverse basi sono in grado di formare due o tre legami idrogeno. Le coppie di basi da A a T e da G a C tendono ad accadere perché questi accoppiamenti sono formati da una purina e da una pirimidina, che sono entrambe in grado di formare lo stesso numero di legami idrogeno.
