Un microscopio composto può essere utilizzato per osservare o analizzare oggetti microscopici o organismi che potrebbero essere troppo piccoli per l'occhio umano nudo per osservare con precisione. I microscopi composti differiscono dai comuni microscopi ottici e stereoscopi nella loro design e funzione generale.
Mentre i microscopi a luce comune contengono una lente che ingrandisce l'oggetto microscopico o l'organismo fino a circa 25 volte, un microscopio composto utilizza due obiettivi. La luce passa attraverso l'oggetto o l'organismo microscopico per proiettare l'immagine nella prima lente, denominata lente dell'obiettivo. Questa immagine primaria ingrandita viene quindi ingrandita ulteriormente mentre passa attraverso il secondo obiettivo, noto come lente oculare. L'ingrandimento dell'oggetto microscopico o dell'organismo varia. Per determinare l'ingrandimento totale, l'ingrandimento della lente dell'obiettivo viene moltiplicato per l'ingrandimento della lente oculare.
La maggior parte dei microscopi composti è dotata di più lenti oculari, ciascuna con diversi poteri di ingrandimento, che può essere ruotata per cambiare l'ingrandimento totale dell'oggetto o dell'organismo microscopico. Un microscopio composto è utile per esaminare o analizzare oggetti microscopici o organismi troppo piccoli per ingrandire un microscopio ottico comune o troppo piccoli per ingrandire un microscopio stereoscopico, che tende a ingrandirsi non più di 50 volte. Tuttavia, oggetti o organismi troppo grandi potrebbero non funzionare bene con microscopi composti e sono più adatti per microscopi a luce diffusa o microscopi stereoscopici.