Le aquile, essendo al vertice della loro catena alimentare, hanno pochi predatori naturali. Ci sono state istanze registrate di aquile che si predano l'una sull'altra, di procioni che uccidono aquile nel nido, di predatori di terra che finiscono uccelli feriti e legati alla terra e di umani che uccidono aquile.
Generalmente, la capacità di volare allontana l'aquila dal percorso dei predatori. Essi, a loro volta, agiscono come uno dei predatori apicali del loro ecosistema, predando una varietà di piccoli uccelli, mammiferi, rettili e pesci. Spesso, possono essere visti piombare su corpi di acqua aperti per estrarre e trasportare pesci.