L'inquinamento del fiume proviene da una varietà di fonti diverse, tra cui operazioni agricole, scarichi industriali, impianti di trattamento delle acque reflue e deflusso di acqua piovana, che trasportano gli inquinanti nei corsi d'acqua. Le fonti sono classificate come fonti puntuali se l'inquinamento proviene da una fonte unica e identificabile e da fonti non puntiformi se l'inquinamento è il risultato di un deflusso su una vasta area. Poiché i fiumi attingono da molte fonti, possono contenere molti inquinanti diversi.
L'inquinamento da sorgente puntuale è il tipo più semplice di inquinamento fluviale da correggere, in quanto può essere ricondotto a un'unica fonte. Un'operazione industriale può accidentalmente scaricare sostanze inquinanti non trattate in un fiume, oppure un'alluvione in un impianto di trattamento delle acque reflue può far defluire le acque reflue in un corso d'acqua. Questi sversamenti possono essere massicci e rilasciare grandi quantità di sostanze inquinanti in un breve periodo di tempo, ma una volta corretto il problema, il fiume può finalmente recuperare.
L'inquinamento da sorgenti non puntiformi è molto più difficile da gestire. Mentre la pioggia o l'acqua piovana scorre su terra, raccoglie eventuali contaminanti presenti. L'olio e il grasso delle strade, l'eccesso di azoto e pesticidi dai terreni agricoli, i metalli pesanti provenienti dalle attività minerarie e di demolizione e i sedimenti sciolti possono penetrare nel fiume, trasportati attraverso il ciclo idrico per deflusso.
