Secondo i racconti di storia orale di Hidatsa, il nome della madre di Sacagawea era Otter Woman e suo padre Smoked Lodge. Queste informazioni sono state fornite da un Hidatsa di nome Bulls Eye, che sosteneva di essere il nipote di Sacagawea.
Non si sa molto della vita in anticipo di Sacagawea, tranne che è cresciuta come parte della tribù Shoshone ed è stata rapita dalla tribù Hidatsa. Sacagawea visse tra gli Hidatsa fino a quando sposò un mercante canadese, Toussaint Charbonneau.
Bulls Eye ha contestato che Sacagawea fosse Shoshone e ha affermato di essere davvero di origini Hidatsa. Qualunque versione sia vera, non ci sono ulteriori informazioni sui suoi genitori.