Nel 2000, Anna Stanley divorziò da suo marito, Charles Stanley, che era parroco della First Baptist Church nel nord di Atlanta, in Georgia, e fondatore dei ministeri In Touch. Erano sposati da 44 anni .
Nella sua petizione per il divorzio, Anna ha citato il loro matrimonio come "irrimediabilmente rotto". Le notizie sul loro matrimonio problematico divennero pubbliche per la prima volta negli anni '90 e furono controverse perché la prima chiesa battista aveva una regola non scritta che proibiva agli uomini divorziati di diventare ministri o diaconi. Quando la coppia si separò, Charles giurò di dimettersi da pastore per divorziare. Tuttavia, dopo che il divorzio è diventato definitivo, la prima chiesa battista ha permesso a Charles Stanley di continuare a servire come pastore anziano.
La coppia divide due bambini insieme. Il loro figlio, Andy Stanley, è parroco di North Point Community Church e fondatore di North Point Ministries.