Le tartarughe respirano portando ossigeno nei polmoni e rilasciando anidride carbonica quando espirano. Le tartarughe d'acqua trattengono l'ossigeno nei polmoni per periodi più lunghi rispetto agli altri animali, permettendo loro di rimanere immersi completamente per molte ore senza correre fuori aria.
Alcune tartarughe possono anche usare le loro cavità anali per respirare. Queste tartarughe tirano acqua nelle loro cavità anali dove le sacche raccolgono l'acqua e filtrano l'ossigeno. Ciò consente alla tartaruga di rimanere immersa senza mai dover affiorare per aria. Questo metodo di respirazione può essere sviluppato per proteggere la tartaruga dai predatori o per agire come una forma di respirazione di riserva nel caso in cui la tartaruga non possa emergere.
