Una lunga catena di molti aminoacidi è chiamata polipeptide. Un polipeptide ha centinaia o persino migliaia di amminoacidi collegati insieme, mentre un peptide è una catena più piccola di amminoacidi. Come suggerisce il nome, i polipeptidi sono composti da più peptidi.
Una lunga catena di aminoacidi può o non può essere considerata anche una proteina. In generale, la catena di base degli acidi è considerata un polipeptide finché non assume la sua forma tridimensionale finale, che è funzionale. Inoltre, alcune proteine sono composte sia da polipeptidi sia da altri gruppi molecolari chiamati cofattori o gruppi protesici. Le proteine sono responsabili di una vasta gamma di compiti biologici nella maggior parte degli organismi viventi.