Il fiume Mississippi si è formato in gran parte durante la Grande Era Glaciale quando grandi strati di ghiaccio hanno cominciato a sciogliersi, e l'acqua risultante si è riunita in laghi glaciali in quello che ora è il Wisconsin e il Minnesota. L'acqua lentamente si è drenata verso il Golfo del Messico, intagliando il fiume Mississippi mentre scorreva.
Il fiume Mississippi e i suoi affluenti costituiscono il più grande sistema di drenaggio del Nord America. A partire dal nord del Minnesota, viaggia verso sud, fino al Golfo del Messico, trasportando l'acqua che defluisce dalle montagne rocciose e degli Appalachi fino all'oceano. Il fiume Mississippi è il quarto più grande bacino di drenaggio al mondo, incapsulando oltre 1,2 milioni di miglia quadrate e circa il 40% della massa continentale degli Stati Uniti.
Si pensa che il delta del fiume Mississippi, nel quale confluisce nel Golfo del Messico, si sia formato inizialmente circa 7.000 anni fa. Tuttavia, continua a cambiare mentre il fiume trasporta sedimenti dalle parti superiori del continente e li deposita nel golfo. Quando i livelli di sedimento aumentano, le piante iniziano a crescere, estendendo sostanzialmente la terra in quello che era un tempo oceano. Quindi, il percorso del fiume Mississippi verso il Golfo del Messico si allunga continuamente. Il Corpo degli Ingegneri degli Stati Uniti ha costruito diverse strutture per impedire al fiume di cambiare rotta a causa dei cambiamenti nel suo delta.