La locomozione nel regno protista è varia ed estremamente versatile. Le amebe usano processi citoplasmatici chiamati pseudopodi, mentre i parameci hanno file di ciglia che si muovono all'unisono come piccoli remi. Euglena e dinoflagellati usano le proteine a forma di frusta chiamate flagelli per nuotare, e alcuni protozoi, come diatomee e plasmodium (l'organismo che causa la malaria), non sono mobili, nel senso che non si muovono indipendentemente.
Cilia e flagelli mostrano una grande somiglianza con le strutture osservate nei batteri. Questo suggerisce che le proteine motorie si sono formate molto presto nel corso dell'evoluzione. Altri eucarioti, inclusi gli umani, hanno mantenuto queste strutture utili. Nel tratto respiratorio umano, le cellule epiteliali ciliate spazzano via i batteri e i detriti nell'aria verso la gola dove il riflesso della tosse li espelle dal corpo. Per quanto riguarda i flagelli, gli spermatozoi contengono proteine simili nelle loro code che permettono loro di nuotare.
La pseudopodia come mezzo di locomozione rimane in gran parte limitata alle amebe; tuttavia, alcuni tipi di cellule umane mantengono questa caratteristica. I globuli bianchi fagocitici, chiamati macrofagi, usano una struttura simile a uno pseudopode per inghiottire batteri e spore fungine. I megacariociti (cellule giganti nel midollo osseo) estendono molteplici processi simili a pseudopodi, quindi scindono frammenti citoplasmatici per formare piastrine.
