I protozoi si spostano per estensione cellulare, flagelli e ciglia; il metodo di movimento è determinato dal tipo di organismo e dall'ambiente circostante. I protozoi sono classificati in tre gruppi: ciliati, amebe e flagellati. I ciliati si muovono usando minuscole ciglia, i flagellati si muovono attraverso l'acqua usando flagelli come remi e remi e l'ameba striscia lungo le superfici estendendo parti delle loro cellule.
I ciliati formano il più grande gruppo di protozoi. Questi organismi hanno dimensioni variabili e vivono spesso in ambienti acquosi, inclusi oceani, paludi, baie e ruscelli. Questi organismi contengono strutture speciali, chiamate ciglia, che sono essenzialmente minuscole ciocche simili a peli che agiscono come sensori e piccoli arti. I ciliati hanno diverse centinaia di cilia, che coprono i loro corpi. I ciliati a base acquosa usano le loro ciglia per muoversi attraverso l'acqua battendoli in schemi ritmici in un movimento simile ai colpi dei remi. I flagellati inoltre vivono principalmente in acqua e usano il loro flagello a coda lunga per muoversi attraverso l'acqua. Questi flagelli agiscono come timoni contribuendo a stabilizzare i flagelli mentre si muovono. I movimenti dei ciliati e dei flagellati sono molto diversi dalle amebe, che hanno membrane cellulari flessibili che fungono da piedi. Le amebe attraversano le superfici allungando, piegando e curvando queste strutture cellulari, che si gonfiano verso l'esterno per aiutare le amebe a muoversi nei loro ambienti.