Dopo una colonscopia, la flora intestinale può essere ripristinata prendendo sia prebiotici che probiotici per ristabilire un livello sano di flora intestinale, secondo Gut Sense. Prendendo questi supplementi orali, un paziente sta effettivamente ri-inoculando l'intestino crasso con una nuova scorta di batteri per facilitare la digestione e l'eliminazione.
Considerata una terapia batterica orale, prebiotici e probiotici sono un mezzo economico per ripristinare la salute dell'intestino dopo una colonscopia, secondo Gut Sense. Questi integratori possono essere assunti regolarmente o in base alle necessità per promuovere una migliore digestione del cibo. A seconda del tipo di prebiotici e probiotici utilizzati, potrebbe essere necessario assumerli con o senza un pasto.
Mentre molti alimenti come lo yogurt sono pubblicizzati per ripristinare la regolarità, in realtà, questi non lo fanno, secondo Gut Sense. Per mantenere la durata e la qualità di questi prodotti, la maggior parte dei prodotti disponibili in commercio subiscono la pastorizzazione, che uccide i batteri vivi. Nel caso dello yogurt o altri alimenti probiotici che non sono pastorizzati, gran parte dei batteri in essi contenuti viene uccisa nello stomaco, senza mai arrivare all'intestino crasso. I supplementi sono progettati per rimanere inattivi nello stomaco e attivarsi nell'intestino crasso dove possono ripopolare l'intestino con batteri sani.