La denominazione dei batteri viene effettuata secondo il sistema binomiale introdotto da Carl Linnaeus. Un batterio ha un nome di genere, che indica il genere a cui appartiene e un epiteto di specie. Gli epiteti identificano le unità subordinate all'interno di un genere. Il nome del genere e l'epiteto della specie formano insieme il nome scientifico, o il nome della specie, del batterio. Il nome è formato da parole latine o latinizzate greche.
"Codice internazionale di nomenclatura dei batteri" è il libro che contiene le rigide regole internazionali per la denominazione dei batteri. Prima di accettare il nome proposto di una specie di batteri, le regole richiedono la pubblicazione di un documento scientifico sulle specie e l'approvazione del documento da parte di un comitato internazionale di tassonomia. Il nome scientifico è sempre scritto in corsivo. La denominazione di un genere di batteri è spesso semplificata dall'uso di nomi banali, che non sono scritti in corsivo o con una prima lettera maiuscola. Lactobacilli, stafilococchi, micobatteri, salmonella e streptococchi sono alcuni nomi banali. Non usare mai il nome banale di un genere completo per riferirsi a una specifica specie batterica. A volte è essenziale dividere una specie batterica in sottospecie. Un epiteto di sottospecie è usato per introdurre una sottospecie. L'epiteto è indicato scrivendo ssp. o subsp. di fronte ad esso.
